Klubben bildades 1863 av gamla skolelever på Charterhouse School. De är alltså näst äldsta fotbollsklubben i England.  Detta är dock omtvistat. Det man vet är dock att Stoke Ramblers bildades 1868 och bestod av flera spelare som var anställda av järnvägsbolaget. Denna klubb försvann 1870. Stokes första dräkter bestod för övrigt av svarta och blå tröjor och vita byxor.  1878 slogs klubben ihop med Stoke Victoria Cricket Club och började spela på deras hemmaplan. Den fick namnet Victoria Ground och de hann spela 119 år på denna klassiska arena innan Britannia Stadium invigdes 1997. Stoke blev en av originalmedlemmarna i fotbollsligan 1888 och spelade där ett par år innan de ersattes av Sunderland. Division I utökades säsongen efteråt och de fick åter plats. 1908 gick de i konkurs och blev uteslutna. Det blev dock en rekonstruktion med hjälp av lokala affärsmän, prästerskapet och gamla spelare. Det gjordes ett misslyckat försök till namnbyte, men "Stoke United" föll inte i god jord. De fick sen vänta till 1919 innan de kom tillbaka till spel i ligasystemet. 1925 lade man till "City" i klubbnamnet.