Swindon Association Football Club bildades 1879 av den 23-årige pastorn William Pitt, som nyligen börjat jobba i Christchurch, den centrala kyrkan i Swindon. Något år senare gick de samman med Spartans Cricket Club och de fortsatte under namnet Spartan Club. 1881 slogs de ihop med St. Mark's Young Men's Friendly Society och fick namnet The Swindon Football Club. Det nuvarande namnet kom 1883. Klubben blev professionell 1894 och 1920 fick de plats i division III. 1989-90 skulle de äntligen flyttas upp i högsta ligan efter att ha vunnit play-off, men det visade sig att de gjort några felaktiga ekonomiska transaktioner, vilket bestraffades med att de inte fick gå upp. Detta blev dock verklighet några säsonger senare.

Klubbdräkterna har ändrats en del, särskilt i början. De ursprungliga färgerna var vita tröjor och svarta byxor. 1894 ändrades det till tröjor med två röda och två svarta fält. 1897 var det gröna tröjor med vita ärmar som gällde, men det varade bara några år, innan de nuvarande färgerna började användas..